اختلاف سازمان امور مالیاتی و اتاق اصناف از آنجا نشات می‌گیرد که یکی با انتقاد از فقدان شفافیت مالیاتی اصناف، سهم این بخش را در کل مالیات‌های کشور ناچیز می‌داند و دیگری معتقد است که بر خلاف تصور بسیاری اکثریت اصناف کشور قشر کم‌درآمد به حساب می‌آیند، بنابراین افزایش فشار مالیاتی بر این قشر درست نیست.
این اختلاف‌ها در نهایت به امضای یک تفاهم‌نامه مشترک مبنی بر تعیین میزان افزایش مالیات بابت خوداظهاری عملکرد سال ۹۳ صاحبان مشاغل بند (ج) قانون مالیات‌های مستقیم ختم شد؛ اما این تفاهم‌نامه که به معنای افزایش ۸ تا ۱۸ درصدی مالیات اصناف است، نتوانست به اختلاف نظر سازمان امور مالیاتی و اصناف پایان دهد؛ چراکه پس از آن فاضلی طی نامه‌ای به عسکری، رییس سازمان امور مالیاتی اعلام کرد که شرایط اقتصادی برای بنگاه‌های کوچک و اصناف از سال گذشته تاکنون بهبود نیافته است، لذا نباید برای دریافت مالیات به اصناف فشار بیشتری وارد کرد.
رییس اتاق اصناف معتقد است که در شرایط رکودی فروش اصناف بالاتر نرفته و نباید مالیات بیشتری برای این گروه در نظر گرفته شود. اما عسکری، مالیات پرداختی از سوی اصناف را ناچیز می‌داند و درباره اعتراضات اصناف به ارقام مالیاتی معتقد است که این رقم مالیاتی که از اصناف گرفته می‌شود عددی نیست که برای آنها ایجاد نگرانی کند. نبود شفافیت اصناف در پرداخت مالیات بخش دیگری از موضوع مناقشه‌ای است که بین سازمان امور مالیاتی و اتاق اصناف وجود دارد. رییس سازمان امور مالیاتی با انتقاد از شفاف نبودن حساب‌های مالیاتی اصناف می‌گوید که برای جلوگیری از کاهش مالیات در این بخش مجبور به توافق با اصناف شده‌است. یکی از راه حل‌های سازمان امور مالیاتی نیز برای پایان دادن به این فقدان شفافیت الزام اصناف به نصب صندوق‌های فروش بوده که خود باعث دامن زدن اختلافات بین سازمان و اصناف شده است. در نهایت اصناف همچنان به ناعادلانه بودن مالیات‌های تعیین شده شکایت دارند ولی سازمان امور مالیاتی معتقد است که نه تنها توجیهات اصناف برای ناعادلانه دانستن میزان مالیات غیرقابل پذیرش است بلکه اصناف در پرداخت مالیات‌های‌شان کوتاهی می‌کنند.
