حدود ۱۵ سال پیش، وزارت صنایع و معادن وقت تصمیم گرفت برای نخستین بار نسبت به صدور پروانه بهره‌برداری نرم‌افزار برای متقاضیان اقدام کند. با اخذ این پروانه به شرکت‌های نرم‌افزاری وعده داده شده بود امتیازها و تسهیلاتی نظیر تخصیص ارز، وام بانکی، کاهش تعرفه برق و امکانات حضور در نمایشگاه‌های خارجی اعطا شود. اما در کنار تمام این چشم‌اندازهای رویایی که برای شرکت‌ها ترسیم شده بود، عاملی که باعث شد شرکت‌ها نسبت به اخذ این پروانه ترغیب شوند، معافیت مالیاتی بود.
این در حالی است که بنا به گفته فعالان شرکت‌های نرم‌افزاری که دارای این پروانه هستند در طول تمامی این سال‌ها برخورداری از این پروانه نه تنها عاملی برای معافیت مالیاتی نبوده، بلکه تخفیفی در این زمینه نیز شامل حال آنها نکرده است. هفته گذشته اما مدیرکل توسعه و کاربرد فناوری اطلاعات وزارت صنعت برای چندمین بار در سال‌های گذشته، از اجرایی شدن معافیت مالیاتی پنج ساله شرکت‌های تولید کننده نرم‌افزار از امسال خبر داد. وی در حالی اظهار داشت قانون معافیت مالیاتی شرکت‌های نرم‌افزاری تابستان سال گذشته (۱۳۹۴) وضع شده است که سبقه این جریان همان طور که اشاره شد به بیش از ۱۵ سال بازمی‌گردد. حال با توجه به فرارسیدن زمان جمع آوری اظهارنامه‌های مالیاتی، باید دید آیا معافیت شرکت‌های نرم‌افزاری دارای پروانه بهره‌برداری عملیاتی خواهد شد؟ گفتنی است تا کنون قول‌ها و وعده‌های بسیاری در دولت‌های مختلف برای حمایت از صنعت نرم‌افزار نظیر بیمه نرم‌افزار و معافیت مالیاتی به مدت ۱۰ سال(مطابق ماده ۱۳۲ قانون مالیاتی) داده شده که هیچ یک اجرایی نشده است.
همین چندی پیش مدیر یکی از شرکت‌های به نام نرم‌افزاری کشور گفته بود، پروانه تولید نرم‌افزار با تمام سختی‌های که گرفتنش دارد، به درد پیچیدن لبو هم نخورده است.هفته گذشته سایر فعالان نرم‌افزاری نیز نظر مشابهی اظهار داشته و گفتند، این پروانه به هیچ دردشان نخورده است و فقط دردسر و پیچیدگی‌های اخذ آن برایشان باقی مانده است. از سوی دیگر برخی نیز گفته‌اند ظاهر نظر وزارت صنعت در این خصوص ملاک نیست و این سازمان دارایی است که باید نظر نهایی را بدهد.
شاید دلیل محقق نشدن معافیت مالیاتی شرکت‌های نرم‌افزاری داشتن متولی‌های متعددی است، در حال حاضر وزارتخانه‌های ارتباطات و فناوری اطلاعات و فرهنگ و ارشاد اسلامی، سازمان فناوری اطلاعات، سازمان پدافند غیرعامل در حوزه امنیت، شورای عالی انفورماتیک و چندین سازمان دیگر متولی این حوزه هستند که برای شرکت‌های معتبر نرم‌افزاری کشنده است، زیرا همیشه باید مجوزهای متعددی بگیرند و بعضی سازمان‌ها نیز تصور می‌کنند با اعمال سخت‌گیری ارزش مجوزشان زیاد می‌شود، در صورتی که ارزش مجوز با ایجاد یک شرایط مناسب زیاد می‌شود.تعدد کسانی که بالاسر شرکت‌های نرم‌افزاری هستند و با هم هماهنگی ندارند، محل گله‌مندی و شکایت است. وقتی یک صنعت می‌خواهد کاری را شروع کند یک متولی باید درباره استانداردها، قیمت‌ها، شرایط و امنیت مجوز صادر کند و صدور مجوزهای مختلف بعضا موجب ایجاد متناقض می‌شود. برای مثال وقتی ممکن است در حوزه امنیت یک مجوز بگیرید که خودش مستلزم تست‌های مختلف و کارهای فنی شرکت نرم‌افزاری است، ولی سازمان دیگری آن مجوز را قبول نداشته باشد. همه چیز نشان‌دهنده این است که شرکت‌های دانش‌بنیان معاف از مالیات هستند .تفاوت شرکت‌های دانش‌بنیان و تولیدکننده نرم‌افزار بیان کرد: الزاما شرکت‌هایی که مجوز تولید نرم‌افزار دارند شرکت‌های دانش‌بنیان حوزه نرم‌افزار نیستند. بعضا شرکت‌هایی به عنوان دانش‌بنیان شناخته شدند که مجوز تولید نرم‌افزار ندارند و احتمالا شرکت‌هایی مجوز تولید نرم‌افزار دارند که دانش‌بنیان شناخته نشدند، ظاهرا دانش‌بنیان‌ها معافیت مالیاتی دارند، اما معافیت مالیاتی برای شرکت‌هایی که مجوز تولید نرم‌افزار دارند اجرا نمی‌شود.
